Natomiast jednym z najdrażliwszych aspektów relacji gospodarczych między Izraelem i Unią jest jej „polityka różnicowania” towarów wytworzonych w Izraelu w granicach z 1967 r. oraz produktów z osiedli izraelskich na terytoriach okupowanych. Krytykowana przez izraelski rząd Bruksela musi bronić się, że nie zamierza wpisywać się w działania antyizraelskiego ruchu „Boycott, Disinvestment, Sanction”, lecz po prostu respektuje prawo międzynarodowe co do statusu osiedli.